В начале XIX века необходимо было восстановить обветшавший храм и расширить его.

Деревянная Преображенская церковь между 1678 и 1691 гг. заменила более древний храм во имя Параскевы Пятницы, стоявший у Ливенских ворот, и была в числе других четырех храмов, расположенных внутри рубленого города-крепости. Престол древней Пятницкой церкви был перенесен во вновь построенный Преображенский храм в качестве придельного.

К середине XVIII века деревянный Преображенский храм обветшал. Каменная церковь на его месте построена и освящена в 1771 году.

Как и многие постройки, возводимые русскими мастерами того времени, Преображенская церковь строилась по «образцу», и ее прототипом можно считать церковь Иоанна Воина в Москве.

Следуя декоративным и конструктивным аналогиям, елецкие мастера создали совершенно оригинальный тип культового сооружения, который был повторен в ряде елецких церквей – Владимирской-Сергиевской (1779), Рождества Богородицы (1789), Предтеченской (1809). Подобный вид бесстолпного храма «восьмерик на четверике» начал развиваться на Елецкой земле гораздо раньше, и местная архитектурно-строительная школа берет основы от широко известных памятников XVI века, а черты ее своеобразия видны уже в постройках XVII-XVIII веков, таких, как Казанская церковь в Талице и церковь Введения в Ельце.

Преображенская церковь неоднократно перестраивалась. Первоначально был выстроен сам храм с алтарем в стиле барокко. Стены Преображенского храма были выбелены, а выступающий декор окрашен в желтый, красный и зеленые цвета, что совершенно необычно для построек того времени, окрашивающихся, как правило, в два цвета, но очень характерно для периода XVI-XVII веков, когда фасады богато расписывались, и для их оформления часто применялся многоцветный изразец.

В начале XIX века необходимо было восстановить обветшавший храм и расширить его. Все перестройки Преображенского храма проводились в стиле классицизма: сбит декор наличников, а приделами с выступающими четырехколонными портиками с южной и северной стороны закрыты окна второго света.

В 1871 году, в год столетия окончания строительства храма, было завершено возведение трехъярусной колокольни, и Преображенская церковь приобрела в основном свой нынешний вид.

В 1891 году часть колокольни и крыши была повреждена ударом молнии, выбившей из кладки 400 кирпичей. В 1892-1893 годах был проведен крупный ремонт храма.

В 1895 г. придельные иконостасы за­менены новыми, стены и потолок трапезной покрашены и расписаны живопи­сью, деревянные полы в ней сменены цементными. Одновременно для трапез­ной церкви приобретена новая позла­щённая утварь.

В этой церкви служил о. Иоан Жданов. Настоятель Преображенской церкви Иоанн Борисович Жданов был одним из самых почитаемых ельчанами пастырей и прославился своей подвижнической жизнью далеко за пределами города.

Ро­дился он в 1750 г. в семье настоятеля Воз­несенской церкви г. Воронежа. Будучи семинаристом, Иоанн Жданов испытал огромное духовное влияние Воронеж­ского епископа Тихона, будущего святителя Задонского. Наставления и проповеди епископа Тихона, уделявшего боль­шое внимание воспитанию будущих свя­щенников, общение архипастыря с семи­наристами, способствовали укреплению в Иоанне стремления посвятить свою жизнь служению Богу и ближним. По окончании в 1770 г. курса Воронежской семинарии он вступил в брак с девицею Дарьею из духовного сословия, а в 1772 г. был рукоположен в диакона к Вознесен­скому храму. В 1779 г. Иоанн Жданов ру­коположен в иерея и около года служил священником в одном из приходских храмов Воронежа. В том же году он был переведён к Архангельской церкви г. Ельца, а вскоре назначен священником храма Преображения Господня, в кото­ром прослужил до конца своей жизни.

Все свои дни о. Иоанн посвящал церков­ному служению, уединенной молитве, обустройству и украшению ставшего уже тесным и ветхим Преображенского храма. Как истинный пастырь, он стре­мился к воспитанию в своих прихожанах всяческих добродетелей, обличая их не­достатки и призывая к благочестию и смирению. В быту подвижник отличался поразительной скромностью, употребляя почти все свои скромные доходы на бла­гоустройство храма и в помощь всем нуждающимся. Известны случаи духов­ной прозорливости о. Иоанна, предска­зывавшего многие события в жизни сво­их прихожан. Скончался пастырь 20 де­кабря 1824 г. и был погребен при огром­ном стечении жителей Ельца, почитав­ших его за праведную жизнь. С тех пор день его поминовения в Ельце считался у горожан днём праздничным — тысячи ельчан стекались в Елецкий Троицкий мужской монастырь, где находилась мо­гила о. Иоанна, чтобы присутствовать при отправлении соборной панихиды над его гробом и помолиться угоднику Божию. Документы Елецкого антирели­гиозного музея свидетельствуют, что в 1917 г. ельчане ставили вопрос перед епархиальным начальством о канониза­ции о. Иоанна Борисовича Жданова. При входе на колоколь­ню Преображенской церкви была за­креплена цепь с надписью: «Сия цепь прибита повелением Тихона 1-го. Епис­копа Воронежского и Елецкого». Сделано это было по распоряжению о. Иоанна, который с дозволения святителя Тихона хотел та­ким способом воздействовать на «…не­благоговейно стоящих в храме, особенно мальчиков-шалунов»‘. 16 декабря 1922 г. эта цепь с ошейником была передана в Елецкий пролетарский музей, а с 1928 г. она экспонировалась в Елецком антире­лигиозном музее. Цепь состояла из 6 зве­ньев, кончалась двумя полукольцами для заковывания шеи. В антирелигиозный музей передали также и ризу о. Иоанна. Самый большой колокол на звоннице храма весил 200 пудов. По свидетельству Н. Ридингера надпись на нём «…вроде старинной скорописной; он перелит из старого колокола усердием прихожан на елецком заводе братьев Криворотовых в 1830г.»».

С северной и восточной стороны церкви располагалась ограда с чугунными столбами и ре­шётками, двумя воротами и двумя калит­ками. С других сторон храм ограждали кирпичные стены домов А.Д. Малечкина и        Т. Г. Богомолова. До 1868 г. в ограде церкви находился дом о. Иоанна Ждано­ва, перенесённый в этот год в Троицкий монастырь.

После о. Иоанна настоятелем Преоб­раженского храма долгое время состоял его сын о. Иоанн Иоанович Жданов, иногда подписывавшийся в метрических книгах под фамилией Преображенский. В XIX столетии церковный штат состав­ляли один священник и один диакон, в начале XX в. к ним прибавился ещё и пса­ломщик. В приходе Преображенской церкви перед революцией числилось 1 741 человек.

Ежегодно 9 августа (по ст. стилю) в церковь совершался крестный ход из Вознесенского собора, неизвестно когда и по какому случаю установленный.

С 1797 г. церкви принадлежала по­жертвованная купцом Иваном Василье­вичем Шапошниковым лавка в гостином ряду размером 7 х 6 и высотой 4,5 арш.

В 1929 г. властями Ельца была развёр­нута кампания по закрытию городских церквей. Учитывая «массовые пожелания тру­дящихся» в количестве около 5 тыс. под­писей, «наличие в Ельце 13 других церк­вей … нужду в помещении для культурно-просветительных учреждений», 11 апре­ля 1930 г. власти закрыли Преображен­скую церковь.

В 1936 г. церковь обследовалась на предмет пригодности к эксплуатации. 1937 г. здание арендовалось складом Заготзерно. После открытия в начале 1943 г. Ка­занской кладбищенскойцеркви верую­щие стали просить возвращения и других елецких церквей. 3 июля 1943 г. ельчане обращались в горсовет с просьбой о пе­редаче им Преображенской церкви для богослужения, по получили отказ. А в 1946 г. по решению Елецкого гор­исполкома № 270 от 29.08.1946 г. была снесена алтарная апсида храма как «ме­шавшая уличному движению». По документам, в 1962 г. храм пусто­вал. Затем в трапезной располагался тир. В результате кирпич в местах уста­новки мишеней был выбит на значитель­ную глубину. В 1960-е гг. при разборке конструкций крыши трапезнойшесть колонн чугунного литья упали и расколо­лись.

Лишь в 1971 г. решением Липецкого облисполкома N 874 от 2 ноября Преоб­раженская церковь г. Ельца поставлена под охрану как памятник архитектуры, что позволило в 1983 году приступить к проектно-реставрационным работам. Целью реставрации стояла задача макси­мально раскрыть участки памятника, от­носящиеся к XVIII в., показать наглядно все слои перестроек XIX в., сохранив композиционную цельность этого разно­временного, но очень интересного па­мятника елецкого зодчества. Активные реставрационные работы в Преображенской церкви начались в 1986 году. Тогда на субботниках по восстановлению храма принимали участие липецкий общественный клуб реставраторов «Русь», елецкий клуб «Вече».

В 1997 г. постановлением главы администрации Липецкой области № 41 от 20 января и распоряжением Комитета по управлению государственным имуществом № 114/580 от 9 июля 1997 г. здание Преображенского храма было передано приходу Вознесенского собора города Ельца. Восстановительные работы были продолжены, а в престольный праздник Преображения Господня в храме прошла первая служба и крестный ход среди груды строительных материалов. Престол храма освящен иерейским чином.

Информация, использованная при написании статьи, взята из труда коллектива авторов — Клоков А.Ю., Найдёнов А.А. и Новосельцев А.В. Храмы и монастыри Липецкой и Елецкой епархии. Елец. — Липецк: ЛОКО, 2006. — 512 с.